Pada tahun 1976, Prabowo terlibat dalam Operasi Tim Nanggala di Timor Leste ketika usia26 tahun dan merupakan komandan termuda dalam operasi itu. Pasukannya berjaya menangkap Nicolau dos Reis Lobato ketua FRETILIN yang ketika itu menjadi Perdana Menteri Timor Leste yang pertama dan berjaya ditahan di Dili. Nicolau Lobato tertembak di perut saat bertempur di Lembah Mindelo pada 31 Disember 1978.[2]

Pada akhir tahun 1992, Xanana Gusmao berhasil ditahan dalam operasi pimpinan beliau.[3] setelah mendapatkan ,aklumat tempat persembunyian Gusmao diperoleh dari perbualan telefonnya dengan José Ramos-Horta.[3]